Сюжет

В финале первой игры Гарри Мейсон получает от Алессы новорожденную девочку — свое перерождение — и воспитывает ее как родную дочь, назвав Хизер. После тех событий прошло 17 лет. Хизер Мейсон, героиня SH3, уже подросток.

Игра начинается с кошмара главной героини, в котором она бродит по кошмарному парку развлечений, населенному монстрами. Она пытается найти выход, пройдя через рельсы «американских горок», где ее сбивает вагонетка.

Хизер просыпается в кафе большого торгового центра. Она выходит из кафе и звонит отцу, сообщая, что скоро будет дома. Она встречает человека, представившегося частным детективом Дугласом Картландом, но Хизер сбегает от него через женский туалет, после чего пытается выбраться из опустевшего торгового центра. В нем она обнаруживает ужасных существ, и вынуждена защищать себя при помощи найденного в одном из магазинов пистолета.

Вскоре Хизер встречает таинственную босоногую женщину по имени Клаудия, призывающую Хизер вспомнить свою истинную сущность и свое предназначение — возродить Рай. Монстры являются свидетелями начала. Недоумевающую Хизер охватывает приступ сильной головной боли, в то время как Клаудия уходит. Хизер пытается спуститься на лифте, но попадает в кошмарную версию торгового центра. Ей удается вернуться в нормальный мир, победив гигантского червя в подвале, где она снова встречает Дугласа. Он признается, что нашел Хизер по заданию Клаудии, но отрицает свое участие в происходящем. Хизер оставляет Дугласа в торговом центре и спускается в метро, чтобы добраться домой, но кошмарные создания преследуют ее и там, и вдобавок, ее чуть не сбивает поезд.

Сев на поезд и пробравшись через заброшенную станцию и канализацию, Хизер выбирается на поверхность и попадает в офисное здание, где встречает Винсента. Винсент хорошо знаком с Клаудией — они являются членами одного культа, но утверждает, что он на стороне Хизер. Хизер тем не менее не доверяет этому странному человеку, не видящего ничего плохого в ужасах, происходящих вокруг, и уходит. В кошмарной версии здания Хизер, чтобы выбраться из здания и убрать преграждающего выход монстра, приходится собрать вместе отрывки сказки.

После исчезновения монстра Хизер наконец попадает в свой дом, где обнаруживает мертвого отца. Идя по следам оставленной крови, она забирается на крышу дома, где ее ждет Клаудия. Она признается в убийстве Гарри, и объясняет свои мотивы местью за события семнадцатилетней давности, когда Гарри помешал планам Культа, а также для другой цели — наполнить Хизер ненавистью. Клаудия рассказывает ей про предназначение Хизер — родить Бога и создать Рай. Затем она уходит, сообщив, что будет в Сайлент Хилле, и оставляет Хизер наедине с Миссионером — убийцей Гарри.

Убив монстра, Хизер спускается в квартиру, где ее уже ждет Дуглас. Хизер сообщает ему о своих планах найти Клаудию и отомстить ей за смерть отца. Дуглас говорит ей, что месть не выход, но соглашается подвезти ее в Сайлент Хилл и помочь с поисками. Он также передает ей сообщение от Винсента — им нужно найти человека по имени Леонард Вульф — и дневник Гарри, в котором он описывает прошедшие события и историю происхождения Хизер.

Хизер и Дуглас прибывают в Сайлент Хилл на следующий день. Город выглядит заброшенным и погружен в туман. Они останавливаются в мотеле, после чего разделяются: Хизер отправляется в психиатрическую больницу Брукхэвен, в то время как Дуглас собирается проверить дома Леонарда.

В больнице Хизер вновь встречается с кошмарными порождениями города. Она получает звонок от Леонарда — отца Клаудии и члена того же культа. Он просит Хизер помочь ему освободиться из заточения, в которое его заключила дочь, в обмен на некую печать. Хизер соглашается. К ней постепенно начинаются возвращаться воспоминания Алессы, так как она является ее реинкарнацией. Хизер в конце концов находит Леонарда, но тот в обличии монстра нападает на нее, обвинив Хизер в неверии. Победив Леонарда, Хизер получает Печать Метатрона — артефакт, якобы способный предотвратить рождение «Бога».

Вернувшись в мотель, Хизер застает там Винсента. Он передает ей сообщение от Дугласа: «Церковь находится на другом берегу озера». Он рассказывает, что церковь — обитель Клаудии, а попасть в нее можно через парк развлечений Лейксайд. Хизер вступает в парк, узнав место из своего кошмара. Она так же, как и во сне, идет по рельсам аттракциона, но ей удается избежать гибели, спрыгнув вовремя вниз.

В это время Дуглас находит Клаудию в другом области парка. Он обвиняет ее в лжи и манипуляции, и пытается остановить Клаудию, но это у него не выходит. Чуть позже Хизер находит раненного детектива. У него сломана нога, и он не может идти. Хизер обещает вернуться, когда она завершит задуманное. Она попадает на карусель в той же самой области, где семнадцать лет назад побывал Гарри. На карусели она встречается со своим темным двойником — Воспоминанием Алессы. Одержав победу над ней, Хизер спускается на карусели в церковь Культа.

Внутри церкви Хизер находит Клаудию, и пытается уверить ее, что к ней вернулись воспоминания Алессы и что ей не нужен новый идеальный мир, который хочет сотворить Клаудия. Внезапно, Хизер снова охватывает боль, так как Бог близок к рождению, и Клаудия оставляет ее одну. В библиотеке церкви Хизер находит Винсента. Он чувствует облегчение, что Хизер смогла заполочить Печать Метатрона, так как убежден в ее силе.

В конце концов, Хизер спускается в подземное святилище, где обнаруживает Клаудию и Винсента. Винсент натравливает Хизер на Клаудию, но Клаудия всаживает ему в спину нож. Умирающий Винсент призывает Хизер использовать печать Метатрона, чтобы остановить рождение Бога, но та оказывается бесполезной, и Клаудия добивает Винсента. Начинается рождение Бога, и Хизер корчится от боли, но затем она смогла вновь обрести над собой контроль и прекратить «схватки». Хизер открывает кулон, который ей подарил Гарри и завещал всегда носить с собой, и проглатывает камень аглаофотис, хранившийся в нем. Аглаофотис — вещество,  изгоняющее злых духов из человека, в которого они поселились. Хизер рвет зародышем Бога. Она пытается наступить на него, но Клаудия отталкивает ее и проглатывает эмбрион в попытке самой стать богоматерью.

Корчащуюся от боли Клаудию схватывает монстр Валтиель — проводник Бога — и увлекает в дыру в святилище. Хизер спускается за ними. На арене внизу она обнаруживает мертвую Клаудию и новорожденного Бога — ужасного монстра, пожирающего остатки Клаудии. Хизер сражается с Богом и убивает его, остановив приход «рая». После боя Хизер плачет, вспоминая умершего отца. Затем она поднимается и возвращается к Дугласу в парке.