Сюжет

Игра рассказывает о 32-летнем писателе Гарри Мейсоне, который везет свою приемную дочь Шерил Мейсон на отдых в курортную зону Сайлент Хилл, небольшой городок в США, известный своей очень спокойной атмосферой. Проезжая по окраине городка, Гарри замечает фигуру девушки, идущей через дорогу. Гарри поворачивает машину, чтобы не сбить ее, и в результате аварии теряет сознание.

Разбив свой автомобиль неподалеку от городка Сайлент Хилл, Гарри приходит в себя и обнаруживает, что Шерил исчезла. Гарри выходит из машины, чтобы осмотреться, и видит, что Шерил убегает, и тут же спешит за ней. Преследуя ее по улицам Сайлент-Хилла, он оказывается на маленькой жилой улочке и попадает в темный переулок. Небо внезапно темнеет, вдалеке слышны сирены, а когда он освещает местность зажигалкой, то обнаруживает, что все окружение изменилось. Дорожное покрытие сменилось ржавыми металлическими решетками и платформами, а стены представляют собой темные, мрачные ряды сетчатых и цепных ограждений. Все покрыто ржавчиной и кровью, обмотано колючей проволокой, а за сеткой видны очертания висящих тел. Звуки промышленного лязга и скрежета металла создают постоянную какофонию окружающего шума. Гарри, которому некуда идти, идет по аллее и обнаруживает перед собой на заборе изуродованный труп. Мгновением позже на него нападают маленькие, похожие на детей монстры. Несмотря на все усилия, Гарри в конце концов одолевают и «убивают».

Он просыпается в заброшенной закусочной под названием Cafe 5to2. Здесь появляется офицер по имени Сибил Беннет. После короткого разговора Сибил дает ему пистолет, и они расходятся. Гарри, вооружившись фонариком, ножом, напитком здоровья и картой, подходит к двери, когда радиоприемник издает странные помехи. Через несколько секунд в окно врывается воздушный крикун. Убив его, он вскоре сталкивается с другими монстрами на окутанных туманом улицах. Он быстро убеждается в полезности радиоприемника, когда тот начинает издавать все более сильные помехи по мере приближения монстров. Следуя подсказке, оставленной его дочерью, Гарри в конце концов находит дорогу в начальную школу Мидвич.

При первом же осмотре выясняется, что школа давно заброшена. Вместо учеников и учителей Гарри находит множество детеобразных монстров. Гарри обходит все вокруг и в конце концов отпирает башню с часами во внутреннем дворе школы. Добравшись до другой стороны здания через двор, он с удивлением обнаруживает, что мир снова переместился в потусторонний мир. И снова свет уменьшился до уровня, на который способен фонарик Гарри, а все поверхности снова превратились в металлические решетки и неровные платформы. В школе потустороннего мира Гарри отправляется в котельную. Внутри свет отбрасывает пылающий труп, и он освещает существо, известное как Раздельноголовый - большую ящерицу с разделенной пополам головой. После ее поражения все погружается во тьму и раздаются те самые сирены, которые Гарри слышал ранее. Затем свет возвращается и показывает обычную котельную.

Молодая девушка, Алесса Гиллеспи, прислонилась к котлу. Она поворачивается к Гарри и исчезает в воздухе. Гарри, растерянный, покидает школу (которая вернулась в нормальное состояние). Услышав вдалеке звон церковного колокола, он направляется к Балканской церкви, где видит пожилую женщину, молящуюся у алтаря. Она поворачивается к Гарри, и в ходе разговора, который Гарри с трудом понимает, старуха оказывается Далией Гиллеспи. Она дает Гарри мистический предмет под названием «Флаурос» и велит ему поспешить в больницу. Прежде чем Гарри успевает задать какие-либо вопросы, Далия уходит, а Гарри выходит из церкви. Он переходит через мост, который ведет в центральную часть Сайлент Хилла.

Гарри прибывает в больницу Алхемилла, где сталкивается с Майклом Кауфманом, врачом, который так же, как и Гарри, озадачен сложившимися обстоятельствами. Вскоре после этой встречи Гарри переносится в потусторонний мир, превращая медицинское учреждение в потустороннюю извращенную версию больницы, кишащую чудовищными медсестрами. По пути он знакомится с Лизой Гарланд, испуганной медсестрой. Хотя она знает многое о городе и его истории, ему не удается получить ответы на вопросы до того, как он переносится обратно в обычный мир, где вновь появляется Далия и говорит ему, что «Знак Самаэля», странный символ, который он видел в разных местах, не должен быть завершен, чтобы тьма не поглотила весь город. Встретившись с Сибил, которая видела девушку на озере, они находят спрятанный алтарь в антикварном магазине, но Гарри исчезает из поля зрения Сибил, что приводит ее в замешательство. Тем временем Гарри возвращается в больницу к Лизе, которая дает ему направление к озеру, но также говорит Гарри, что чувствует, что «не должна уходить».

По дороге к озеру Гарри пересекает водный путь и попадает в курортную зону. Игрок может определить судьбу Кауфмана - и концовку игры, - решив помочь ему в баре Annie's. Вскоре после этого потусторонний кошмар начинает полностью захватывать город. Перегруппировавшись с Сибил и решив остановить завершение метки по отчаянной просьбе Далии, Гарри отправляется к маяку, а Сибил - в парк развлечений «Лейксайд». В сцене, где на Сибил нападает неизвестный, Гарри снова видит Алессу и символ на вершине маяка, а затем сам отправляется в парк развлечений. На карусели парка аттракционов появляется Сибил, одержимая паразитом. Игрок может выбрать, спасти или убить Сибил, что в очередной раз повлияет на концовку игры. Вновь появляется Алесса, и Гарри невольно использует «Флаурос», чтобы поймать ее в ловушку. Появляется Далия, которая рассказывает, что манипулировала Гарри чтобы он заманил ее в ловушку, так как только он мог подобраться к ней, и что Алесса на самом деле ее дочь.

Когда силы Алессы выходят из-под контроля, Гарри просыпается и обнаруживает, что снова попал в искаженный мир, напоминающий больницу, известную как «Нигде». Он находит Лизу, которая поняла, что ничем не отличается от других медсестер. Она начинает перевоплощаться на глазах у охваченного ужасом Гарри, который убегает, когда она приближается к нему, хотя он явно сочувствует. В дневнике Лизы, оставленном в палате, объясняется, что она была медсестрой, которая ухаживала за Алессой в обмен на наркотик «Белая Клаудия», который ей поставлял Кауфман. В «Нигде» Гарри видит флешбэк встречи между Далией, Кауфманом и двумя врачами культа.

Вскоре Гарри находит Далию и Кауфмана (и Сибил, если он спас ее раньше), а также фигуру в инвалидном кресле, обмотанную бинтами, - Шерил. Алесса стоит на коленях неподалеку. Во флешбэке и со слов Далии становится ясно, что семь лет назад Далия принесла в жертву огню свою дочь, пытаясь взрастить и вызвать рождение бога культа, живущего внутри нее. При этом душа Алессы разделилась на две части из-за ненависти, и бог не смог родиться, поэтому Далия произнесла заклинание, которое в итоге должно было притянуть вторую половину души обратно к Алессе. Вторая половина души проявилась в виде Шерил, которую Гарри и его жена нашли младенцем на дороге возле Сайлент Хилла и впоследствии удочерили. В настоящем Алесса, предчувствуя возвращение Шерил через увеличение своей силы, явилась в город, чтобы расставить метки, которые видел Гарри, в попытке удержать Бога на расстоянии. Когда план Алессы провалился, а две половинки ее души вновь соединились, бог начинает проявлять себя. Появляется Кауфман и бросает в бога пузырек с Аглаофотисом. В зависимости от действий игрока Бог появляется в виде Инкуба или Инкубатора. Обе формы мгновенно убивают Далию, после чего Бог обращает свое внимание на Гарри, который в итоге побеждает его.